php.exe是提供来在命令行执行PHP文件的工具，比如你在有文件ABC.PHP，那么你可以在CMD命令提示符下执行命令php.exe abc.php来运行这个PHP文件。

php-cgi.exe是提供来作为CGI使用的，区别是在文件输出所有内容之前，会自动输出一个下面的HTTP头：
X-Powered-By: PHP/5.2.5
Content-type: text/html

php-win.exe也可以执行PHP文件，区别是大打开控制台，不显示输出内容。可以用来编写无需显示界面的文件处理、网路服务等程序。