300年前在月亮的旁边，被称作媛星的凶星逼近地球。地球面临前所未有的灾难，人类到了生死存亡的关键时期，在这个关键时刻，一个被人们称作阳巫女的人，发现了阻止这灭顶之灾的方法，那就是星脉之舞。阳巫女以牺牲自己的弟弟为代价，完成了星脉之舞。改变了媛星的轨道，阻止了人类的灭顶之灾。

    但是故事并未结束，300年后的一天，由著名财团赞助的一所私立高中，在300年前仪式举行的地方成立。

     而作为高中部历史教师就任到学校的高村恭司，到学校报到，途中遇到了同样报道的鸦羽舞衣，因此300年后的故事就此展开。高村恭司的另一个身份，是财团派来秘密调查媛传说的调查人员。历史是如此巧合，命运秘密安排着300年后。看似巧合却本该如此的开始，随着调查的不断展开。发现了拥有神秘力量的被称为HIME的12个女孩，和随之而来在学校周边出现的被称为弃兽的不可思议的怪物。虽然怪事不断在学校发生，但是渐渐的高村恭司的调查深入，与同样是HIME的鸦羽舞衣感情越发深入。

      不过悲剧从300年前就已经注定，一个个谜团逐渐得清晰。虽然被称为HIME的少女们拥有无比强大的力量，但是这些力量的来源是对自己最重要的人。也就是HIME们被打败并不是失去自己的生命，而是那个最重要的人。而媛星300年后又将接近地球，不过完成星脉之舞的仪式只能是12位HIME中互相残杀后的胜利者。这种残酷的仪式在300年后继续着，在面对12位昔日好友，却不得不兵刃相见。最后高村恭司和鸦羽舞衣面对着好友和亲人，相继离去的悲痛事实成为了所谓的最终胜利者。

      不能再让这种残酷的仪式在300年后继续下去，正当快要毫无办法的时候。高村恭司发现了终止这种命运轮回的办法，让最后胜利的HIME与自己最重要的人。拔出藏在命运之树下的守护神剑，借助神剑的力量，将媛星消灭阻止300年后的轮回。但代价是两人的——记忆将被消除，最终两人决定将命运掌握在自己手中。命运之树下两人互相拥抱，约定未来一定不要忘记对方。最后两人双手握住守护神剑，用力将其拔出，神剑发出耀眼的光芒。射向媛星，强光下媛星被击碎成无数的小亮点。消失在天空中。

      最后，似曾相识的私立学院的花园内，上完一节历史课的高村恭司走在花园里。命运之树下，身边一名年轻的女学生经过，恭司回头看了一眼。觉得似曾相识，但想不起来在那里见过。

      也许命运是强大的，但我还是想把它掌握在自己手中。正是这些点滴的事件，因此命运之树才会如此枝繁叶茂。未来的事情无法选择逃避，那就勇敢地去面对，创造真正属于自己的那颗。

      ————————命运的系统树