一、FAT。
FAT(File Allocation Table)是“文件分配表”的意思。对我们来说，它的意义在于对硬盘分区的管理。是目前最常见的文件系统有FAT16、FAT32、NTFS 三种。
1、FAT16：它最大可以管理大到2GB的分区，但每个分区最多只能有65525个簇，随着硬盘或分区容量的增大，每个簇所占的空间将越来越大，从而导致硬盘空间的浪费。我们以前用的DOS、Windows 95都使用FAT16文件系统。
2、FAT32：它是FAT16的增强版本，可以支持大到2TB(2048G)的分区。FAT32使用的簇比FAT16小，从而有效地节约了硬盘空间。从Windows 98开始，FAT32开始流行。
3、NTFS：微软Windows NT内核的系列操作系统支持的、一个特别为网络和磁盘配额、文件加密等管理安全特性设计的磁盘格式。随着以NT为内核的Windows 2000/XP的普及，很多个人用户开始用到了NTFS。NTFS也是以簇为单位来存储数据文件，但NTFS中簇的大小并不依赖于磁盘或分区的大小。簇尺寸的缩小不但降低了磁盘空间的浪费，还减少了产生磁盘碎片的可能。NTFS支持文件加密管理功能，可为用户提供更高层次的安全保证。
二、使用建议
NTFS文件系统格式，它能更充分有效地利用磁盘空间、支持文件级压缩、具备更好的文件安全性。如果你只安装Windows 2000/XP/VISTA，建议选择NTFS文件系统。
如果是98或多重引导系统，则系统盘(C盘)选出FAT32或FAT16，否则不支持。当然，其他分区的文件系统可以为FAT32或NTFS。