“木马”程序会想尽一切办法隐藏自己，主要途径有:在任务栏中隐藏自己，这是最基本的办法。只要把Form的Visible属性设为False，ShowInTaskBar设为False，程序运行时就不会出现在任务栏中了。在任务管理器中隐形:将程序设为“系统服务”可以很轻松地伪装自己。当然它也会悄无声息地启动，黑客当然不会指望用户每次启动后点击“木马”图标来运行服务端，“木马”会在
每次用户启动时自动装载。Windows系统启动时自动加载应用程序的方法，“木马”都会用上，如:启动组、Win.ini、System.ini、注册表等都是“木马”藏身的好地方。
下面具体谈谈“木马”是怎样自动加载的。在Win.ini文件中，在[WINDOWS]下面，“run=”和 “load=”是可能加载“木马”程序的途径，必须仔细留心它们。一般情况下，它们的等号后面应该什么都没有，如果发现后面跟有路径与文件名不是你熟悉的启动文件，你的计算机就可能中“木马”了。当然你也得看清楚，因为好多“木马”，如“AOL Trojan木马”，它把自身伪装成 command.exe(真正的系统文件为command.com)文件，如果不注意可能不会发现它不是真正的系统启动文件(特别是在Windows窗口下)。
在System.ini文件中，在[BOOT]下面有个“shell=文件名”。正确的文件名应该是“explorer.exe”，如果不是“explorer.exe”，而是“shell= explorer.exe程序名”，那么后面跟着的那个程序就是“木马”程序，就是说你已经中“木马”了。注册表中的情况最复杂，通过regedit命令打开注册表编辑器，在点击至:“HKEY-LOCAL-MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”目录下，查看键值中有没有自己不熟悉的自动启动文件，扩展名为EXE，这里切记:有的“木马”程序生成的文件很像系统自身文件，想通过伪装蒙混过关，如“Acid Battery v1.0木马”，它将注册表“HKEY-LOCAL-MACHINESO FTWAREMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下的Explorer键值改为Explorer= “C:WINDOWSexpiorer.exe”，“木马”程序与真正的Explorer之间只有“i”与“l”的差别。当然在注册表中还有很多地方都可以隐藏“木马”程序，如:“HKEY-CURRENTUSERSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”、“HKEY-USERS****SoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”的目录下都有可能，最好的办法就是在“HKEY-LOCAL-MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下找到“木马”程序的文件名，再在整个注册表中搜索即可。
知道了“木马”的工作原理，查杀“木马”就变得很容易，如果发现有“木马”存在，最有效的方法就是马上将计算机与网络断开，防止黑客通过网络对你进行攻击。然后编辑win.ini文件，将[WINDOWS]下面，“run=“木马”程序”或“load=“木马”程序”更改为“run=”和“load=”;编辑system.ini文件，将[BOOT]下面的“shell=‘木马'文件”，更改为:“shell=explorer.exe”;在注册表中，用regedit对注册表进行编辑，先在“HKEY-LOCAL-MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下找到“木马”程序的文件名，再在整个注册表中搜索并替换掉“木马”程序，有时候还需注意的是:有的“木马”程序并不是直接 将“HKEY-LOCAL-MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下的“木马”键值删除就行了，因为有的“木马”如:BladeRunner“木马”，如果你删除它，“木马”会立即自动加上，你需要的是记下“木马”的名字与目录，然后退回到MS-DOS下，找到此“木马”文件并删除掉。